Farmasian tiedekunnan tutkimuksen painopiste在lääketutkimus上。Tutkimuksen tavoitteena on tunistaa uusia lääkevaikutuksen kohteita, keksiä ja kehittää uusia lääkeaihioita, kehittää uusia lääkkeenantomenetelmiä， tutkia lääkkeiden farmakokineettisiä ja farmakologisia ominaisuuksia, kehittää utta alaan liittyvää teknologiaa，Sekä tutkia lääkehoitoon liittyviä yhteiskunnallisia ja taloudellisia kysymyksiä ja kouluttaa Alan huippusaajia。
Tiedekunnassa toimiienglaninkielinen lääketutkimusohjelma Drug Research Program (DRP)，Joka yhdistää monitieteisesti tutkimusryhmiä。
Tiedekunta koordinoi vuonna 2019 perustettua kansallista lääketutkimuksen yhteistyö- ja tutkimusverkostoFinPharmaa。Verkostossa ovat mukana kaikki farmasian koulutus- ja tutkimusyksiköt Suomessa: Helsingin yliopisto, Itä-Suomen yliopisto ja Åbo akadei。Verkoston tavoitteena在kehittää uudenlaisia lääkehoitoja yhdistämällä osaaminen biolääketieteessä， neurotieteessä ja eläinlääketieteessä。
