Farmasian tiedekunnan tutkimuksen painopiste在lääketutkimus。Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa uusia lääkevaikutuksen kohteita, keksiä ja kehittää uusia lääkeaihioita, kehittää uusia lääkkeenantomenetelmiä， tutkia lääkkeiden farmakokineettisiä ja farmakologisia ominaisuuksia, kehittää uutta alaan liittyvää teknologiaa，Sekä tutkia lääkehoitoon liittyviä yhteiskunnallisia ja taloudellisia kysymyksiä ja kouluttaa Alan huippusaajia。
Tiedekunnassa toimiienglanninkielinen lääketutkimusohjelma药物研究计划(DRP)，Joka yhdistää monitieteisesti Alan tutkimusryhmiä。
Tiedekunta koordinoi vuonna 2019 perustettua kansallista lääketutkimuksen yhteistyö- ja tutkimusverkostoFinPharmaa。Verkostossa ovat mukana kaikki farmasian koulutus- ja tutkimusyksiköt Suomessa: Helsingin yliopisto, Itä-Suomen yliopisto ja Åbo Akademi。Verkoston tavoitteena在kehittää uudenlaisia lääkehoitoja yhdistämällä saaminen biolääketieteessä， neurotieteessä ja eläinlääketieteessä。
