CryoEM单位提供高分辨率成像的纳米粒子,如病毒和蛋白质复合物在200 KDa向上(~ 10到300 nm直径)。CryoEM特别有用的对象太大,不稳定或变量研究了x射线晶体学、核磁共振。它可以用来理解结构,各种生物大分子复合体的组装和功能。cryoEM数据可以使用图像处理软件进行三维模型。培训三维图像重建是通过每两周为数据处理每月的访问。相关的光学显微镜和cryoEM是一个独特的国家服务。 CRYOEM活动 * COVID-19危机:CryoEM服务是开放的。更新的信息可用的服务将提供reguest (grp-cryoemservice (a) helsinki.fi)。* 2021年夏天:28.6 - 11.7.2021有限的访问;12.7。——1.8.2021关闭;2.8。——8.8.2021有限的访问 芬兰/ CryoEM Instruct-ERIC中心 CryoEM服务的一部分芬兰Instruct-ERIC中心,并通过Instruct-ERIC可以访问(指导中心芬兰/ CryoEM主页)。看到资金的可能性Instruct-ERIC访问。 CryoEM服务 CryoEM应用程序 CryoEM仪器 CryoEM用户政策 CryoEM用户费用 关于CryoEM CryoEM出版物
CryoEM服务 基本的和先进的cryoEM技术 项目计划和评估 样本优化和准备 跳水冻结服务(BSL2) 自动单粒子和cryo-tomography数字数据集合 图像重建的建议 合作项目 课程在结构生物学,低温电子显微镜和图像重建
CryoEM应用程序 低温电子显微镜适用于项目如结构生物学、纳米技术、时间分辨的组装和相变。根据所使用的方法,subnanometer分辨率可以达到。 单粒子平均和三维(3 d)重建 电子断层扫描和三维重建 测量和统计分析 研究生物大分子复合物和其他电子束敏感材料在水的解决方案。 粒子大小直径范围从~ 10到300海里。
CryoEM仪器 徕卡玻璃化机器人EM GP 自动使冰箱的网格技术用于制备玻化流体样品或极薄样品低温电子显微镜。 适合生物悬浊液和工业乳剂、水和无机溶剂。 不仅可以用来跳水冻结样品EM网格,但还在冻结骨折占写板蓝宝石碟片和样品。 温度和湿度控制。 二级生物安全实验室 手工玻璃化的断头台 二级生物安全实验室 Linkam-Zeiss相关荧光光学显微镜对陶瓷标本。 荧光检测的陶瓷标本之前。可以快速查找感兴趣的区域,然后使用电子断层扫描的情况。 范塔洛斯Artica透射电子显微镜配备了猎鹰III直接电子探测器范相机和相位板。 范塔洛斯北极蛤属透射电子显微镜与直接电子检测器和一个相位板 改善信噪比,更大的敏感性和自动数据收集(24/7)使高分辨率的低温电子显微镜。 只有系统可用在芬兰和欧洲是为数不多的。 先进的技术包括玻化相关光和电子显微镜标本(CLEM)。 数据可以转移到CSC公司处理的框架,或者返回一个USB驱动器上。
CryoEM用户政策 低温EM服务都是开放的学术和商业用户。 项目将进行科学评估的可行性。 说明如何开始一个新项目(9.1.2017): 联系帕斯Laurinmaki或贝妮塔Loflund (grp-cryoemservice赫尔辛基点fi),或Instruct-FI中心协调员(grp-InstructHilifeHub赫尔辛基点fi)。 有一个开球会议。 填写一个申请表一个新项目。这将有助于您的项目的科学审查。如果接受了,你将收到一个惟一的ID,您将使用的预订、样品等。 一旦样品交付已经同意,填写纸样(链接见下)样品交付使用你的唯一标识符。这将用于计费,所以保持自己。 样品带到Biocenter 1 EM单位地板和交付给帕斯Laurinmaki或者贝妮塔Loflund商定的日期和时间。 样品和图片进行收集和交付给客户。 2020项目表(申请表) 样品单2020 确认 请注意,通过低温EM服务学术的客户承诺承认单位出版物或论文。请记住添加下面的句子在你的刊物。我们高度赞赏它。 ”我们感谢贝妮塔帕斯Loflund和Laurinmaki(赫尔辛基大学)在cryoEM技术援bob体育下注安卓版助。的设施和专业知识HiLIFE CryoEM单位赫尔辛基大学,芬兰Instruct-ERIC中心的一员,FINStruct, bob体育下注安卓版Biocenter芬兰感激地承认。”
CryoEM用户费用 CryoEM CryoEM工作服务提供全方位服务和自助服务选项。全方位服务选项涵盖了样品制备和成像。自助服务客户提交现成的电网设施和成像将由我们的工作人员照顾。下面给出两个类别的价格。 所有价格都VAT-exclusive。标准的增值税是24%。这个价格只是对于学术用户列表。商业客户的价格可以在请求。 账单是一年三次。 提供全方位服务 包括样品制备、数据收集服务。 样品制备乙y暴跌冷冻技术 标准网格99,90€ 样品制备服务包括制备3并行cryo-grids (Quantifoil铜R1.2/1.3网格和消耗品)由cryo-EM-staff。的网格将存储6个月,他们将被丢弃,没有进一步的通知。 如果其他类型的网格要求,可用,价格将获得请求。 价格包括:制备EM-samples暴跌冻结技术,存储cryo-sample的6个月,耗材。 负染法 这种技术用于样品在室温下优化。Cryo-EM-unit提供这种方法只作为额外服务优化低温电子显微镜的样品。价格可以在请求。的EM单位(Jokitalo)提供负染法non-cryo相关项目作为常规服务。 数据收集与塔洛斯北极蛤属 快速检查:220€/样品 用于样本优化。数据集的样本通常是20 - 150图像。这样的数据集将给你一般信息关于你的样品如纯度、粒径分布和浓度。 价格包括:仪器时间(塔洛斯北极蛤属),运营商和耗材。不包括样品制备。 样本特征:440€/样品 代表数据集的图像。数据集的样本通常是100 - 300图像。 价格包括:仪器时间(塔洛斯北极蛤属),运营商和耗材。不包括样品制备。 cryo-sample大规模数据收集 足够大的粒子重建数据集。 24小时,1016€。数据集的样本通常是500 - 1000图像。 72 h, 2744€。数据集的样本通常是1000 - 3000图像。 价格包括:仪器时间(塔洛斯北极蛤属),运营商和耗材。不包括样品制备。 断层扫描(低温) 这种技术 倾斜系列取得 仪器的时间 塔洛斯北极蛤属8点-下午4点55€/ h,下午4点- 8点36€/ h 徕卡EM GP 8€/转变 辉光放电3、30€/使用 网格 Quantifoil R2/2盟仪6,00€ Quantifoil R2/2盟200目70€ 超薄碳膜多洞的碳5、20€ C-flat 8、10€ UltraAuFoil R2/2 7日50€ 耗材 Autogrid 70€ Autogrid容器20,65€ 运营商时间39,00€ 自助服务 客户提交低温网格,不包括样品制备服务。 样品制备 徕卡EM GP 8€/ h,最小预订时间为2 h。价格包括吸墨纸,乙烷和LN2。 辉光放电3、30€/使用 购买网格和网格容器是客户的责任。如果网格containersupplied客户不适合autogrids网格数据收集后将不会被保存。 存储和书保持cryogrids是客户的责任。样品单需要填写的所有样品/网格存储在CryoEM设施或提交CryoEM服务成像。 数据收集、塔洛斯北极蛤属 快速检查: 用于样本优化。数据集的样本通常是20 - 150图像。这样的数据集将给你一般信息关于你的样品如纯度、粒径分布和浓度。 仪器的时间220€/样品(1 Autogrid耗材38€/样品(1、2、3 示例包括麦克斯3相同的副本网格(相同的浓度、网格类型、样品制备参数等)和数据将从第一个收集合适的网格。其他网格不会检查。 样本特征: 代表数据集的图像。数据集的样本通常是100 - 300图像。 仪器的时间440€/样品(1 Autogrid耗材38€/样品(1、2、3 示例包括麦克斯3相同的副本网格和数据将从第一个收集合适的网格。其他网格不会检查。 cryo-sample大规模数据收集 通常足够大的粒子重建数据集。 仪器时间1016€/ 24小时数据集样本通常是500 - 1000的图像。 仪器时间2744€/ 72 h数据集样本通常是1000 - 3000的图像。 Autogrid耗材70€/网格(如果使用) 低温电子断层扫描 在显微镜标本倾斜断层扫描技术来产生图像系列。每个系列的形象从同一位置和图像提供不同方向的粒子。 仪器时间1016€ 样品制备不包括 Autogrid耗材70€/网格(如果使用) 显微镜耗材 Autogrid耗材38€/样品(1、2、3 Autogrid容器22€/样品(4 示例包括麦克斯3相同的副本网格(相同的浓度、网格类型、样品制备条件等) 如果客户提交autogrids, autogrid费用将不会被起诉 如果样品是加载到显微镜,但它不是成像,Autogrid将收取费用。 我们只能提供autogrid容器如果我们有额外的存储容器。
关于CryoEM 关于cryoEM有用链接 会谈从NRAMM高级主题研讨会在电磁结构的决心:挑战和Opportunitiesare可用在线:http://nramm.nysbc.org/2017-workshop-lectures/。讨论包括样品制备、成像、仪表、处理和重建和验证的方法。
CryoEM出版物 最近的出版物 2021年 Flatt, J.W.,Domanska, A., Seppälä, A.L., Butcher, S.J. (2021) Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses. Commun Biol 4:250https://doi.org/10.1038/s42003 - 021 - 01779 - x 2020年 巴雷罗,K。,Dwivedi, O. P., Leparc, G., Rolser, M., Delic, D., Forsblom, C., Groop, P. H., Groop, L., Huber, T. B., Puhka, M., & Holthofer, H. (2020). Comparison of urinary extracellular vesicle isolation methods for transcriptomic biomarker research in diabetic kidney disease.《细胞外囊泡,10(2)e12038。https://doi.org/10.1002/jev2.12038 现任巴特拉伊,法比奥Valoppi Sami-Pekka差距,萨米Hietala,佩特里Kilpelainen,弗拉基米尔•Aseyev Kirsi s Mikkonen(2020)时间self-association云杉的半乳葡甘露聚糖取决于pH值和机械剪切。102年食品凝胶体积。https://doi.org/10.1016/j.foodhyd.2019.105607。 海基岛,Tiia Turunen, Andres Lohmus Mikko Turunen,马蒂·Jalasvuori,莎拉·j .屠夫Seppo Yla-Herttuala, Tapani Viitala, Vincenzo Cerullo, Pia r . m . 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Virol. 89:9571-80 2014年 Magarkar, Mele N,任N,屠夫,Torkkeli M, Serimaa R, Paananen,林德M,地堡A (2014) Hydrophobin电影结构HFBI HFBII和加速膜的形成机制。10.1371 / journal.pcbi.1003745 PLOS计算生物学 Vahokoski J, Bhargav SP, Desfosses Andreadaki M, Kumpula EP,马丁内斯SM, Ignatev,莱佩尔,Frischknecht F, Siden-Kiamos我,萨克森C, Kursula I结构差异解释从而疟原虫的不同功能。公共科学图书馆Pathog。2014年4月17日,10 (4):e1004091。 2013年 •赫泽高。尼尔森,C。,Laurinmäki, P., Butcher, S.J., Urtti, A., Yaghmur, A. (2013) Nanostructured aqueous dispersions of citrem interacting with lipids and PEGylated lipids. RSC Advances 3:24576–24585. 黑泽尔,U。,Sironen,T., Laurinmäki, P., Liljeroos, L., Patjas, A., Henttonen, H., Vaheri, A., Artelt, A., Kipar, A., Butcher, S.J., Vapalahti O., Hepojoki J. (2013) Isolation, identification and characterization of novel Arenaviruses, the etiological agent of Boid Inclusion Body Disease. J. Virol. 87:20 10918-10935 Karesoja差距,S, M。Karjalainen E。、Hietala年代。,Laurinmäki, P., Vesanen, E., Butcher, S.J., Tenhu, H. 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Virol. 87:3248-3260 Pietila,抗议;,Laurinmäki, P., Russell, D.A., Ko, C., Jacobs-Sera, D., Hendrix, R.W., Bamford, D.H., Butcher, S.J.. (2013) Structure of the archaeal head-tailed virus HSTV-1 completes the HK97-fold story. Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 110:10604-10609 2012年 迪尔伯恩,公元,Laurinmäki, P., Chandramouli, P., Rodenburg, C.M., Wang, S., Butcher, S.J., Dokland, T. (2012) Structure and size determination of bacteriophage P2 and P4 procapsids: function of size responsiveness mutations. J. Struct. Biol. 178:215-224 Koho, T。,Mäntylä,T., Laurinmäki, P., Huhti, L. Butcher, S., Vesikari,T., Kulomaa, M.S., Hytönen, V.P. (2012) Purification of norovirus-like particles (VLPs) by ion exchange chromatography. J. Vir. Methods. 181:6-11. Manole Atanasova Pietila,可,NS, V, Liljeroos, L。、屠夫、SJ Oksanen,嗯,Bamford, DH。(2012)病毒粒子体系结构结合全球分布pleolipoviruses感染嗜盐古生菌。j .微生物学报86:5067 - 5079 萨林,L。P,差距,J。,Laurinmäki, P., Butcher, S.J., Bamford, D.H., Poranen, M.M. 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